Konakçıların insan ve hayvan olmasına göre, bulaşma türlerine göre zoonozlar 3 grup altında sınıflandırılır.
Antropozoonoz zoonozlar (anthropozoonoses): Hayvanlardan insanlara geçenler: Kuduz, toksoplazmoz
Zooantroponoz zoonozlar (Zooanthropozoonoses): İnsanlardan hayvanlara geçenler: difteri, amebiyoz
Amfiksenöz zoonozlar (Amphixenoses ): İnsan ve hayvanların her ikisi arasında da karşılıklı geçebilenler (stafilokoklar, mikobakteriler)
Zoonozlar yaşam döngülerine göre ise 4 grup altında sınıflandırılırlar.
Direkt zoonozlar (Direct Zoonoses) : Bunlar enfekte omurgalı konakçıdan duyarlı omurgalıya doğrudan temas veya herhangi bir mekanik araçla geçer. Geçişleri sırasında çoğalmaz, gelişmez ve bir değişikliğe uğramaz. (Kuduz, brusellozis, trichinosis)
Siklo-zoonozlar (Cyclozoonoses): Yaşamlarını sürdürebilmek için birden fazla omurgalı konakçıya gereksinim duyarlar. (taeniasis, echinococcosis )
Meta-zoonozlar (Metazoonoses): Biyolojik olarak omurgasız arakonakçılardan duyarlı omurgalılara geçerek yaşam sikluslarını tamamlarlar. Etken omurgasız arakonakçıda çoğalır, gelişir . (schistosomiasis arbovirus)
Sapro-zoonozlar (Saprozoonoses): Son omurgalı konakçıya ek olarak toprak ve bitki gibi hayvan olmayan arakonakçıya gereksinim duyar. (larva migrans, mikotik hastalıklar F.hepatica)
Zoonozların sınıflandırılması rezervuar konakçılarına göre;
Ø Yabani hayvanlardan insanlara bulaşan zoonozlar
Ø Yarı yabani (güvercin, rat, vb.) hayvanlardan bulaşan zoonozlar
Ø Evcil hayvanlardan insanlara bulaşan zoonozlar
Zoonozlar yaşam siklusları yanı sıra etiyolojilerine göre de sınıflandırılır. Uygulamada da en çok bu sınıflandırma kullanılır.
Ø Bakteriyel zoonozlar: ruam, antraks, yanıkara
Ø Viral zoonozlar: kuduz,
Ø Fungal zoonozlar: aspergillosis, actinomycosis
Ø Protozoal zoonozlar: anaplasmosis, babesiosis, malaira
Ø Helmintik zoonozlar: trichjinosis, echinococosis, taeniasis
salginhastaliklar 